Trong tiếng Nhật, trước đây, Kyoto được gọi là Kyō (京), Miyako (都) hoặc Kyō no Miyako (京の都). Vào thế kỷ 11, thành phố được đổi tên thành "Kyōto" (京都, "kinh đô"), từ Hán trung cổ kiang-tuo (cf. Mandarin jīngdū).[2] Sau khi thành phố Edo được đổi tên thành "Tōkyō" (東京, "Đông kinh") vào năm 1868 và kinh đô chuyển đến đó, Kyoto trong một thời gian ngắn được gọi là Saikyō (西京, "Tây kinh"). Kyoto đôi khi cũng được gọi là cố đô nghìn năm (千年の都).

Quốc hội Nhật Bản không bao giờ chính thức thông qua bất kỳ luật chỉ định một thủ đô.[3] Các cách viết nước ngoài cho tên thành phố bao gồm Kioto, Miaco (都 miyako, có nghĩa "đô") và Meaco, được sử dụng chủ yếu bởi người vẽ bản đồ Hà Lan. Một thuật ngữ khác thường được sử dụng để chỉ thành phố trong thời kỳ tiền hiện đại là Keishi (京師, Keishi?), "thủ đô".[4]